W niedzielę 23 czerwca 2013 roku w Krakowie w sanktuarium bł. Jana Pawła II został poświęcony kościół. W uroczystości uczestniczyli bracia kurkowi z królem Mirosławem Malinowskim, marszałkami Reginaldem Jaworskim i Zbigniewem Kwaterem. Był podstarszy Józef Hojda, ceremoniarz Zdzisław Grzelka i podskarbi Piotr M. Mikosz. W kontuszach wystąpili także byli królowie: Stanisław Dyrda, Tadeusz Trzaska, Tadeusz Ryś, Jerzy Turbasa, Krzysztof Wójcik. W sumie w poświęceniu kościoła uczestniczyło 35 braci kurkowych.

Kard. Stanisław Dziwisz rozpoczynając Mszę św. wyraził radość z obecności biskupów, którzy uczestniczyli w 362. zebraniu plenarnym KEP, które odbywało się w Wieliczce.

Podczas uroczystości poświęcenia kościoła 50-lecie przyjęcia święceń kapłańskich obchodził metropolita krakowski kard. Stanisław Dziwisz, biskup pomocniczy archidiecezji krakowskiej Jan Zając i biskup diecezji bielsko-żywieckiej Tadeusz Rakoczy. Była to także 25. rocznica sakry biskupiej metropolity warszawskiego kard. Kazimierza Nycza i biskupa pomocniczego archidiecezji krakowskiej Jana Szkodonia. Jubileusz 25-lecia święceń kapłańskich obchodzili biskupi z archidiecezji krakowskiej Grzegorz Ryś, natomiast 20-lecie kapłaństwa świętował bp Damian Muskus.

- Dzisiaj w gronie kolegów dziękuję Bogu za dar kapłaństwa. Otrzymaliśmy ten dar dokładnie 50 lat temu, w niedzielę 23 czerwca 1963 r. przez włożenie rąk bp. Karola Wojtyły, ówczesnego wikariusza kapitulnego archidiecezji krakowskiej - wspominał kard. Dziwisz.

Następnie kard. Stanisław Dziwisz dokonał poświęcenia nowego kościoła oraz ołtarza.

Homilię podczas uroczystości wygłosił bp Tadeusz Rakoczy, ordynariusz diecezji bielsko–żywieckiej, który także świętował jubileusz święceń kapłańskich, które otrzymał z rąk bp. Karola Wojtyły. 

- Mamy przed oczyma niezwykłe dzieła Jana Pawła II, apostoła Bożego Miłosierdzia, które dokonał na ziemi i wciąż dokonuje w niebie. Odegrały one decydującą rolę w dziejach współczesnego Kościoła i wytyczyły drogę na przyszłość - zaznaczył bp Rakoczy. Wyznał także, że całe życie kapłańskie i biskupie jubilatów przebiegało „w blasku i pod opiekuńczymi skrzydłami Jana Pawła II”.

W trakcie uroczystości kard. Dziwisz otrzymał życzenia od duchowieństwa archidiecezji krakowskiej, sióstr zakonnych, przedstawicieli świata nauki, rządu i mieszkańców Krakowa.

W uroczystej Mszy św. w niedzielę w sanktuarium bł. Jana Pawła II uczestniczyli biskupi, arcybiskupi i kardynałowie zgromadzeni na 362. zebraniu Konferencji Episkopatu Polski, przybyli także hierarchowie z zagranicy, m.in. z Włoch i Niemiec. Obecni byli także przedstawiciele władz - rządu, Krakowa, Małopolski i wojska oraz mieszkańcy Krakowa.

Uroczyste poświęcenie nowego kościoła nastąpiło dwa lata po wprowadzeniu relikwii Jana Pawła II do kościoła dolnego (kościoła relikwii).

Do nowego kościoła prowadzą odlane z brązu drzwi przedstawiające postać bł. Jana Pawła II, któremu towarzyszą święci i błogosławieni wyniesieni przez niego na ołtarze. W wykończeniach wnętrza dominuje kamień oraz beton architektoniczny. W ołtarzu głównym i na bocznych ścianach znajduje się dekoracja mozaikowa - dzieło o. Marko Ivana Rupnika SJ - uznanego w świecie artysty słoweńskiego pochodzenia, twórcy mozaik m.in. w krypcie nowego kościoła w San Giovanni Rotondo we Włoszech.

Inicjatywa powołania papieskiego Centrum „Nie lękajcie się!” została podjęta w Krakowie 2 stycznia 2006 r. przez metropolitę krakowskiego kard. Stanisława Dziwisza. Budowa rozpoczęła się jesienią 2008 r. na obszarze dawnych Zakładów Sodowych „Solvay”, w miejscu symbolicznie związanym z latami młodości Karola Wojtyły.

W pierwszym etapie inwestycji, obok kościoła dolnego powstały dwa inne obiekty: Centrum Wolontariatu oraz Instytut Jana Pawła II - obecna siedziba Instytutu Dialogu Międzykulturowego.

Zakończenie prac w kościele górnym wpisuje się w drugi etap inwestycji, który obejmuje budowę Muzeum Jana Pawła II i wieży widokowej. W przyszłości powstaną kolejne obiekty: Centrum Konferencyjne, Dom Pielgrzyma, Centrum Rekolekcyjne i Rehabilitacyjne oraz hotel.